纪念馆新馆造型犹如一艘巨大的“和平之舟”：东部拔地而起的高大船头是陈列丰富的展厅，周边庄严肃穆的广场可容纳万人集会；中部是原馆的遗址悼念区；西部大片开阔区域是树木葱茏的和平公园。另外，还有十多座形态逼真、寓意深刻的雕塑点缀其中，整个展馆分展览集会区、遗址悼念区、和平公园区和馆藏交流区4个功能性区域，是一座纪念性的遗址型历史博物馆，也是全国爱国主义教育基地和全国文物保护单位。

    多年来，该馆对内围绕爱国主义教育，对外围绕和平反战开展了深入细致的工作，在国内外产生了重要影响。截至2009年底，参观者达到2000多万人次。先后接待了20多位党和国家领导人、10多位外国国家领导人。该馆还赴日本、丹麦、美国、意大利、菲律宾，以及国内的北京、上海等22个城市举办了展览，并与省内外80余家学校和单位签定了共建协议，配合学校和单位开展入党、入团、入队、成人宣誓、专题会、主题现场会、祭奠等活动。同时组织专家学者和南京大屠杀幸存者，先后赴北京大学、华中师范大学、中国科技大学、南京大学等大中学校，以及部分企事业单位作爱国主义教育演讲及南京大屠杀专题报告。 

　　该馆先后获得“全国精神文明建设先进单位”、“全国爱国主义教育示范基地”、“全国青少年教育基地”、“全国中小学爱国主义教育基地”、“全国工会系统外事接待先进单位”、“全国国防教育示范基地”等六项国家级荣誉，连续四年被江苏省委、省政府评为“江苏省文明单位”，被江苏省外办评为“江苏省外事接待先进单位”，五次被评为“南京市当年精神文明建设十件大事”之一。